El maestro fue uno de los primeros hombres en avizorar la transformación que traería la independencia y quiso formar una clase dirigente, con auténtico sentido peruanista. Por ello, convirtió el colegio en un centro educativo de primer orden en el que se formaron muchos próceres de la independencia. Se preocupó también por la educación popular, confiando en que la unidad del idioma sería el camino para lograr la igualdad del indio con el criollo y el blanco.
Sus discípulos y amigos fundaron la Sociedad Filantrópica para propagar la revolución americana, de definida tendencia antimonárquica. Miembro de la sociedad Amantes del País, colaboró en El mercurio peruano y fue el primero en firmar el Acta de la Independencia. Al llegar la expedición libertadora de don José de San Martín, la ancianidad no impidió que el viejo luchador abandone su retiro para ponerse a las órdenes del gobierno libertador. De esta forma tiene la oportunidad de tomar parte en el nacimiento de la República del Perú como miembro del primer Congreso Constituyente.
Toribio Rodríguez de Mendoza fue un guía valioso y acertado en el Congreso Constituyente. Ecuánime y sereno, navegó con firmeza entre el torbellino de pasiones que desencadenó la independencia. Vivió lo suficiente para regocijarse con el triunfo de Ayacucho y murió en 1825 sabiendo que el Perú era “libre e independiente por la voluntad general de los pueblos”.
En la actualidad, el Estado Peruano le rinde homenaje a través del Tribunal Constitucional de la República, que instituye la medalla Toribio Rodríguez de Mendoza para galardonar y distinguir a las personas e instituciones que contribuyen con la defensa de la Constitución y de los Derechos Humanos. Asimismo, el departamento de Amazonas, en honor a su ilustre hijo, designa con su nombre a una de sus provincias, situada en la selva alta y que destaca por sus grandes atractivos naturales, diversos potajes y fiestas populares.
El 18 de septiembre del año 2000 se creó en dicha región la Universidad Nacional Toribio Rodríguez de Mendoza, institución rectora de la cultura, la ciencia y la tecnología en Amazonas.
